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【Perl】根据一个ID列表文件来从一个fasta文件里面挑取符合要

作者:ulwulwvfje / 发布于2014/8/12/ 608

其中一个文件是ID列表，一个ID占一行，另一个文件是fasta格式的序列，一行是>开头的标记，旗下所有行都是该标记的内容，直到下一个>开头的标记


	#!/usr/bin/perl -w
	if( @ARGV != 2 )
	{
	 print "Usage: we need two files\n";
	 exit 0;
	}
	my $ID=shift @ARGV;
	my $fasta=shift @ARGV;
	open FH1,"<$ID" or die "can not open the file,$!";
	while (<FH1>)
	{
	chomp;
	$hash{$_}=1;
	}
	#读取第一个参数，ID列表，每一行的ID都扫描进去hash表
	open FH2,"$fasta" or die "can not open the file,$!";
	while(defined($line=<FH2>))
	{
	chomp $line;
	if($line =~ />/)
	{
	$key = (split /\s/,$line)[0];
	$key =~ s/>//g;
	$flag = exists $hash{$key}?1:0;
	}#这个flag是用来控制这个标记下面的序列是否输出

	print $line."\n" if $flag == 0;

	}

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