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【
Perl
】
根据一个ID列表文件来从一个fasta文件里面挑取符合要
作者:
ulwulwvfje
/ 发布于
2014/8/12
/
331
其中一个文件是ID列表,一个ID占一行,另一个文件是fasta格式的序列,一行是>开头的标记,旗下所有行都是该标记的内容,直到下一个>开头的标记
#!/usr/bin/perl -w if( @ARGV != 2 ) { print "Usage: we need two files\n"; exit 0; } my $ID=shift @ARGV; my $fasta=shift @ARGV; open FH1,"<$ID" or die "can not open the file,$!"; while (<FH1>) { chomp; $hash{$_}=1; } #读取第一个参数,ID列表,每一行的ID都扫描进去hash表 open FH2,"$fasta" or die "can not open the file,$!"; while(defined($line=<FH2>)) { chomp $line; if($line =~ />/) { $key = (split /\s/,$line)[0]; $key =~ s/>//g; $flag = exists $hash{$key}?1:0; }#这个flag是用来控制这个标记下面的序列是否输出 print $line."\n" if $flag == 0; }
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